С момента своего основания школа существовала как семейная, то есть основывающаяся на активном участии родителей в образовании и воспитании своих детей.

В 1991 году в микрорайоне МЖК-4 группой родителей-инициаторов, желавших дать своим детям качественное образование при условии сохранения их душевного здоровья и эмоционального благополучия, был создан ПЕРВЫЙ класс школы. Это были, в основном, родители с высшим образованием, поэтому они сами занялись поиском подходящих учебных программ по основным предметам. Выбор был сделан в пользу программ развивающего обучения (система Д.Б. Эльконина - В.В. Давыдова). В то время в городе не было ни учебников, ни методической литературы по этим программам. Поэтому организатор класса В.К. Бублик в начале сентября съездил в Центр развивающего обучения в городе Харькове, встретился с автором программ развивающего обучения по русскому языку В.В. Репкиным и привез нужные учебники.

Педагоги, работающие в классе, начали осваивать программы развивающего обучения сначала по видеокассетам с записью лекций авторов развивающего обучения В.В. Репкина, Г.В. Репкиной, А.М. Захаровой, Т.И. Фещенко, И.М. Бондаренко, а позже через участие в семинарах, проводимых авторами. Педагогам помогали в работе методисты развивающего обучения, прошедшие соответствующие курсы в Центре развивающего обучения в городе Харькове.

В 1993 году был набран еще один первый класс. В течение первых трех лет (с 1991 года) эти классы существовали в рамках Авторской экспериментальной семейной школы № 222 (АЭСШ) при Октябрьском районо. В 1993 году вновь назначенный на пост руководитель Администрации Октябрьского района предложил классам АЭСШ, находящимся не на территории Октябрьского района, перейти под ведомство своих районных отделов народного образования. В результате этого с 1 сентября 1994 года при Верх-Исетском районо зарегистрировано Муниципальное образовательное учреждение «Семейная школа «Родники».

В 1996 году школа разместилась в помещение бывшего детского сада (детский сад переехал в новое здание) на первом этаже жилого дома по адресу: г. Екатеринбург, ул. Заводская, 32/3. Силами родителей и учителей были сделаны перепланировка и ремонт. Начиная со второй четверти 1996-1997 учебного года все 4 класса школы с комфортом разместились в едином учебном пространстве. До этого года школа располагалась на нескольких площадках.

В 1999 году в связи с перерегистрацией было решено изменить название школы на Муниципальное общеобразовательное учреждение среднюю общеобразовательную школу № 203 «Родники» (сокращенно МОУ СОШ № 203 «Родники»).

1 ноября 2010 года школа реорганизована в Негосударственное (частное) общеобразовательное учреждение среднюю общеобразовательную школу № 203 «Родники» (сокращенно НОУ СОШ №203 «Родники»).

В период с 2014 по 2018 годы школа увеличила количество классов до семи.

19 сентября 2019 года школа реорганизована в Автономную некоммерческую организацию среднюю общеобразовательную школу № 203 «Родники» (сокращенно АНО СОШ №203 «Родники»).

Школа продолжает развиваться сохраняя свою самобытность и верность традициям.